斜視の治療は眼鏡装用、遮閉法（アイパッチ）、プリズム装用、手術、ボトックス注射などがあります。
原因や斜視のタイプによって異なりますが、矯正が必要な屈折異常がある場合は眼鏡装用をし、眼位ずれの頻度や角度が大きければ手術を行います。また、視力が眼鏡をかけても改善されない場合にはアイパッチを行います。
斜視の根治的な治療法としては手術になりますが、ずれ幅や頻度が少ない場合にはプリズム眼鏡の適応になることもあります。また、2015年には斜視の治療法としてボトックス注射が適応になりました。全てのタイプで適応になるわけではありませんが、後天性内斜視や甲状腺機能異常に伴う斜視など一部の症例に効果が認められています。
重症筋無力症や甲状腺機能異常など全身疾患に伴う斜視や頭の病気に伴う斜視の場合は、まず原疾患の治療を行います。そのうえで斜視の症状が変わらず長期間変動がないものに対しては、プリズム治療や手術が適応となります。